대한소아혈액종양학회는 1991년 소아 혈액질환과 암에 대하여 진료하고 연구하며 이 질환들로 고생하는 환아들의 삶의 질을 높이는데 기여하고자 창립되었다.
그 동안 학회는 우리나라 소아암에 대한 국가 사회적 연대 의식을 증진시키고 치료에 의한 예후 향상에 크게 기여하여 왔다. 특히 각종 소아암에 대한 항암화학요법 방침을 발전시켰고 조혈모세포이식, 특히 제대혈 이식을 표준 치료방침으로 정착화 시키는데 기여하였다. 2002년에는 대한혈액학회와 함께 국제혈액학회를 우리나라에 유치하여 성공적으로 개최하였으며 조혈모세포이식학회와 함께 국제학회 또한 활발히 참여하고 있다. 2002년부터는 일본 소아혈액학회 및 소아암학회와도 해마다 활발한 교류를 하고 공동 심포지엄, 공동연구도 시행하고 있다.